Estudo coordenado em Santa Catarina avalia mutações do novo coronavírus

Após um ano do surgimento do novo coronavírus, Santa Catarina participa de um esforço internacional para entender as mutações do causador da covid-19, por meio de um estudo coordenado pelo professor Glauber Wagner, do Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC).

O objetivo da pesquisa é sequenciar o genoma do vírus que circula nas diferentes regiões do Estado. A ideia é avaliar a dispersão e as mutações. A partir dessas informações, será possível traçar estratégias de saúde para conter o avanço da pandemia.

Até dezembro de 2020, 50 amostras foram sequenciadas e a previsão é que até a primeira quinzena de fevereiro outras 50 passem pelo processo.

De acordo com Glauber, coordenador do Laboratório de Bioinformática da UFSC, várias pesquisas têm demonstrado que o conhecimento sobre o genoma e os tipos virais em circulação pode ser aplicado para observar os grupos de transmissão.

“Ou seja, determinados genótipos, será que eles podem estar circulando em uma região do Estado e outros em outra região? Isso poderia permitir aos gestores entender um pouquinho dessa dinâmica em nível estadual e, talvez, até adotar políticas mais específicas para determinadas regiões”, explica o professor.

Funcionamento da pesquisa

Amostras são coletadas – com swab nasofaringe – de pacientes que foram diagnosticados com Covid-19 em Santa Catarina. Esse material é enviado para processamento no Laboratório de Biologia Molecular e Sorologia do Hospital Universitário Polydoro Ernani de São Thiago, em Florianópolis, que é referência para esse tipo de trabalho dentro da UFSC.

“De lá, essa amostra vem para nosso laboratório para uma etapa de amplificação do genoma viral. Para termos um volume viral significativo e então levar para um sequenciador, que é feito em uma empresa terceirizada”, explica o professor Glauber.

Após o sequenciamento do genoma, os dados voltam para o Laboratório de Bioinformática para que a equipe possa trabalhar com as informações. São usados diferentes algoritmos da ciências de dados e de machine learning. Com isso é possível traçar os perfis de genótipos do vírus no Estado, tanto temporalmente quanto espacialmente.

Ao final do projeto, previsto para meados de 2021, também será criada uma plataforma catarinense para compartilhamento dos resultados, com os genótipos avaliados ao longo de um ano em Santa Catarina.

Pesquisa integrada

Além do apoio da Fundação de Amparo à Pesquisa e Inovação de Santa Catarina (Fapesc), que destinou R$ 100 mil via edital, a pesquisa coordenada pelo professor Glauber Wagner conta com diferentes parcerias. Os hospitais Regional do Oeste, de Chapecó, e Santa Terezinha, de Joaçaba, contribuíram com a coleta das amostras. Mais recentemente, a Secretaria de Estado da Saúde e o Laboratório Central (Lacen) fecharam acordo com os pesquisadores, ampliando a oferta de material de diferentes regiões do Estado.

Na parte prática da pesquisa, contribuíram a equipe do Hospital Universitário, do Laboratório de Virologia Aplicada (UFSC), do Laboratório de Protozoologia (UFSC), do Laboratório de Biologia Molecular, Microbiologia e Sorologia (UFSC), Laboratório de Imunologia Aplicada (UFSC) e da University of Georgia (EUA).

O sequenciamento do genoma será feito pela startup catarinense Biome-Hub, de Florianópolis.